Monografie představuje současné poznatky o funkcích fyziologické mikroflóry, její patologie včetně bakteriální translokace. Řeší se mikrobiální ekosystém u některých chorob a léčba, rozebírá některá infekční onemocnění, idiopatické záněty, syndrom dráždivého tračníku, kolorektální karcinom. Zmiňuje uroinfekce, autoimunní a imunodeficitní stavy, změny po operacích a dává přehled léčebných zásahů.